Царствование Филиппа ІІ можно назвать золотым веком инквизиции. Это длилось ещё со времён царствования Фердинанда и Изабеллы, которая усиленно преследовала еретиков. Поначалу она преследовала евреев и мавров, которые подозревались в сектантстве, а затем принялась и за протестантов. На казни временами присутствовал и сам король, который стремился искоренить ересь в государстве, используя даже самые бесчеловечные меры. Испанцы были лишены возможности поступать учиться в заграничные университеты. Над теологической литературой был установлен строгий контроль. Король старался всеми возможными способами отрезать путь еретической чуме.

Самое серьёзное положение с протестантами было на севере Испании. На юге страны Филипп обратил своё внимание, главным образом, на морисков. С того времени как была повержена Гранада, мавры массово принимали католичество. Исполняя все необходимые церковные обряды, они всё же оставались верными подданными магометанству. Именно этому явлению и решил положить конец Филипп ІІ. Путём притеснений и трудноисполнимых требований, например, запрещения женщинам на улице закрывать лицо, Филипп спровоцировал отчаянную вооружённую борьбу со стороны морисков. Разразившееся восстание продолжалось два долгих года. после варварского усмирения восставших, ФилиппІІ приказал всех морисков выселить из государства. Многие из них оказались проданными в рабство, других переселили в северные районы страны. В придворных кругах победа над морисками рассматривалась как одно из самых выдающихся дел Филиппа ІІ.